Ein klassisches Anwendungsgebiet für Phytopharmaka ist die Behandlung von Befindlichkeitsstörungen und Erkrankungen im Magen-Darm-Bereich, zu denen Appetitlosigkeit, Völlegefühl mit Blähungen, leichte Magenschleimhautentzündung, krampfartige Bauchschmerzen, kurzfristiger akuter Durchfall und Verstopfung zählen. Die zur Behandlung der genannten Erkrankungen genutzten Arzneipflanzen sowie die verwendeten Pflanzenteile sind in Tabelle 6 aufgeführt.

Eine häufig auftretende Befindlichkeitsstörung ist die Appetitlosigkeit. Pflanzliche Bittermittel können Magensaft- und Gallebildung und damit die Verdauung anregen. Die Palette reicht von einfachen Bittermitteln wie Enzian, Fieberklee und Tausendgüldenkraut über aromatische Bittermittel wie Angelika, Kardobenediktenkraut, Pomeranze und Wermut, gerbstoffhaltige Bittermittel wie China- und Kondurangorinde bis hin zu Scharfstoffen wie Ingwer und Galgant. Diese Pflanzen finden nicht nur in Phytopharmaka Verwendung, sondern sind auch in appetitsteigernden Aperitifs enthalten. Kardobenediktenkraut sowie der unter dem Namen Orangenbaum bekannte Pomeranzenbaum sind im Mittelmeerraum beheimatet, während der Chinarindenbaum an den Osthängen der Anden, in Indonesien und im tropischen Afrika zu finden ist. Beim Kondurangostrauch handelt es sich um eine in Südamerika anzutreffende Liane, Galgant stammt aus China und wird in Ostasien, Indien und Thailand kultiviert.

Bei Völlegefühl und Blähungen helfen die ätherischen Öle von Kümmel, Fenchel und Anis, denn sie wirken blähungstreibend bzw. blähungsauflösend und krampflösend. Auch Pfefferminze, Kamille und Melisse haben entsprechende Wirkung.

Unausgewogene Lebensweise und Stress können zu Magenschleimhautentzündung führen, die in leichten Fällen durch pflanzliche Arzneimittel behandelt werden kann. Schwere Fälle sollten vom Arzt therapiert werden. Zur Behandlung von leichten Magenschleimhautentzündungen dienen die Wurzeln von Eibisch und die Samen von Lein, die Schleimstoffe enthalten, die schützend und reizmildernd auf die Magenschleimhaut wirken. Es ist nachgewiesen, dass Kamille und Süßholzwurzel die Entzündung hemmen.

Jedoch sollte insbesondere Süßholzwurzel nur über einen begrenzten Zeitraum von ca. 4 bis 6 Wochen eingenommen werden, da sie bei Überdosierung Bluthochdruck und Wassereinlagerungen im Gewebe hervorrufen kann.

Bei krampfartigen Bauchschmerzen helfen krampflösende Phytopharmaka mit Pfefferminzöl.

In Folge von Infektionen tritt Durchfall auf, der zumeist nur über einen kurzen Zeitraum von 3 bis 4 Tagen andauert und von selbst abklingt. Sollte der Durchfall stärker sein, länger andauern, stärkere Schmerzen verursachen oder sollten Komplikationen wie z. B. Blut im Stuhl auftreten, ist ein Arzt aufzusuchen. Zur Behandlung von kurzfristigem Durchfall können gerbstoffhaltige Arzneipflanzen eingesetzt werden. Denn Gerbstoffe bilden in Verbindung mit Eiweißen nicht nur einen Schutzfilm auf den Darmschleimhäuten, der die Aufnahme von Giftstoffen vermindert oder unterbindet; zusätzlich wird die Darmbewegung normalisiert. Gerbstoffe sind z. B. in Grünem und Schwarzem Tee enthalten; weiterhin liegen sie in getrockneten Heidelbeeren, Tormentillwurzel, Johannisbrotsamen, Uzarawurzel und Eichenrinde vor. Die Tormentillwurzel ist ein in Europa und Westasien beheimatetes Rosengewächs, der Johannisbrotbaum wird in Spanien, Italien, auf Zypern, in der Türkei und in Griechenland angebaut. Uzara hingegen stammt aus Südafrika.

Im Falle einer Verstopfung erfolgt die Entleerung des Darmes seltener als alle 2 bis 3 Tage, und es kommt häufig zu Krämpfen, Völlegefühl und Blähungen. Erste Abhilfe kann eine ausreichende Aufnahme von Flüssigkeit sowie langfristig auch die Umstellung der Ernährung auf eine ballaststoffreiche Kost schaffen. Auch Phytopharmaka wie Leinsamen und Indischer Flohsamen sowie Indische Flohsamenschalen schaffen Abhilfe. Denn als Füll- und Quellstoffe bewirken sie bei ausreichender Flüssigkeitsaufnahme eine Zunahme des Stuhlvolumens und in Folge eine raschere Darmpassage. Der Indische Flohsamen kommt von den Kanarischen Inseln über Madeira bis Spanien, in den afrikanischen Mittelmeerländern, auf der arabischen Halbinsel sowie in Vorderasien bis Afghanistan, Pakistan und Indien vor.

Osmotisch wirksam ist beispielsweise Manna als Saft der in Südeuropa und Nordasien vorkommenden Manna-Esche. Die Inhaltsstoffe des Safts und deren Abbauprodukte stimulieren die Darmbewegung und binden Wasser, so dass sich der Darminhalt vermehrt und eine abführende Wirkung eintritt.

Als eigentliche Abführmittel gelten Sennesfrüchte, Sennesblätter, Aloe, Faulbaumrinde und Rhabarberwurzel, deren Inhaltsstoffe die Darmschleimhaut reizen. Der dadurch ausgelöste Stuhlgang kann durchfallartig erfolgen und ist gelegentlich von Bauchschmerzen begleitet. Diese Abführmittel sollten nicht länger als 10 bis 14 Tagen eingenommen werden, da anderenfalls eine Gewöhnung einsetzt. Der Sennastrauch wächst in Nordamerika, der Faulbaum kommt in Europa, Westasien und Nordamerika vor.

Bei starker Verstopfung mit Komplikationen wie Krämpfen empfiehlt es sich, den Arzt aufzusuchen!